EVENTO
Sistema de Comparação de Genomas de Procariotos - SCGP
Tipo de evento: Defesa de Dissertação de Mestrado
A disponibilidade de genomas completos e parciais de procariotos tem aumentadoexponencialmente nos bancos de dados biológicos públicos devido as mudanças das técnicas desequenciamento de genomas nos últimos anos. Há dois anos, após a instalação de uma infra-estrutura desequenciamento de DNA, o Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de ComputaçãoCientífica ingressou nessa era de sequenciamento em grande escala. As análises genômicas in-silicoutilizam-se dessas sequências produzidas com os mais diversos fins, como, por exemplo, a análisecomparativa de genomas, estudos de vias metabólicas, análises filogenéticas dentre outras. Soma-se aofato de que a maior oferta de genomas de organismos filogeneticamente próximos pode facilitarinferências biológicas, mas demanda o desenvolvimento de ferramentas que facilitem e agilizem aanotação e a comparação dos genes.O SCGP - Sistema de Comparação de Genomas de Procariotos agrupa todos os possíveis genesortólogos a partir de um conjunto de genomas, armazena-os em um banco de dados, permite consultas degenomas selecionados, utilizando dados da anotação como produto, nome de gene, sinônimo e sequênciade aminoácidos. A partir dos clusters gerados é possível inferir informações sobre genes comuns entre osgenomas estudados, ordem gênica e classificação funcional. O sistema ainda permite fácil atualização,adicionando novos genomas em uma comparação já existente. Para validação do sistema foramusados 19 genomas da ordem Mycoplasmatales. Foi possível realizar buscas por informações desimilaridade e alinhamento de sequências e o método de análise dos agrupamentos gerados, permitiu oacesso à lista grupos de sequências homólogas, identificando possíveis relações evolutivas, estruturais efuncionais existente entre os genomas estudados.
Data Início: 14/03/2011 Hora: 10:00 Data Fim: 14/03/2011 Hora: 13:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio B
Aluno: Rangel Celso Souza - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Arnaldo Zaha - Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS
Participante Banca Examinadora: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Arnaldo Zaha - Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS Augusto Schrank - Universidade Federal Rio Grande do Sul - UFRGS Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Suplente Banca Examinadora: Fabiano Thompson - Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ Mauricio Egidio Cantão - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
